Najczęstsze przyczyny utrudnień lub niepowodzenia leczenia to pozostawione w kanałach zębów złamane narzędzia endodontyczne po uprzednim leczeniu, obliteracja, czyli bardzo słaba drożność kanałów korzeniowych lub wręcz jej brak, do której dochodzi na skutek przewlekłych stanów zapalnych miazgi, czy wreszcie niestandardowa anatomia zęba.